这个问题必须分内因和外因两个层面才能把问题说清楚，当然，起决定性作用的还是外因。
内因很简单，清朝的灭亡和之前的明朝、元朝、宋朝都不一样，在清朝灭亡之前并没有经历一个混乱了几十年的阶段。
尽管清朝在最后几十年时间里先后经历了太平天国运动、中法战争、中日战争以及义和团事件，但是清朝在这一系列战争中整个体系并没有真正的崩溃，中央对地方依然保持了绝对的优势。
许多人都爱说晚清时中央权威涣散，这话不算错，但是也只对了一半。
经历了义和团事件后清政府权威确实涣散，但是这不等于清政府权利也涣散了。事实上1900年一直到1911年这11年时间里，就制度层面而言，是清政府重塑权威的十年。
地方督抚对新军的控制权被剥夺，改为陆军部统一管辖。
地方财政权也被清政府收归了户部。
在义和团事件中闹出“东南互保”的长江三督全部调职，张之洞从湖广总督调入清政府担任军机大臣。
这一系列的集权举措并没有给人感觉“旧秩序”在崩坏。
事实上清朝虽然在1911年就已经灭亡了，但是清朝所代表的那套“旧秩序”彻底崩溃要到1926年第二次直奉战争，张作霖打败曹锟建立安国军政府，那时大家才普遍觉得世道太乱了。
说起来，晚清到辛亥革命再到1927年北伐这段时间特别像安史之乱后的唐朝，后人看起来是藩镇割据，但是唐朝人自己并不觉得，相反觉得“国家稍安”。
这一点从辛亥革命后北洋政府历届领导人和军队亲密程度就能看出来，袁世凯、段祺瑞至少从不以军人自居，到了曹锟和吴佩孚的时代，至少军政还是分开的，曹锟心目中依然认为总统大过大帅，而等到张作霖成立安国军政府时，对他而言最重要的职务不再是总统，而是大帅了。
所以，从内因上说，之所以北洋军阀混战时期还能保持形式上的统一，是因为清朝所代表的旧秩序是慢慢崩溃的过程，而不是立刻就崩塌了，等到旧秩序彻底崩塌以后，南方国民党所建立的新秩序就随之递补上了。
当然，内因只是充分条件，而不是必要条件。
外因才是必要条件。
为什么1911年看上去还行的清朝会突然崩溃？就是因为欧洲列强在欧洲局势越来越紧张的情况下不愿意在远东地区维持一个虚弱的大国，所以辛亥革命能成功。
如果当时列强决定支持清政府，不用多做什么，只需要把1910年谈好的1100万英镑的贷款提前支付给清政府，让清政府拿着这笔钱驱使北洋新军就行了。
同样，为什么北洋军阀混战，还没有外国势力敢于明目张胆的伸手？
就是因为列强在1921年，在华盛顿开了一个会，会议通过了“九国公约”，在规定了列强在华利益的前提下，也保证了民国的领土完整和国家主权。这才是民国当时能维持名义上统一的真正原因。
在九国公约的约束下，即使是日本也没办法明目张胆入侵民国，只能通过扶持张作霖这样的地方军阀来达到他们侵吞民国的目的。
