柯尔克孜族是中国的古老民族之一。汉文史籍首先著录柯尔克孜先民的是《史记》，称之为“鬲昆”。后来的史书又作“隔昆”。东西汉时期多称“坚昆”，魏晋至隋朝称“结骨”、“契骨”、“纥骨”、“护骨”，“黠戛斯”是唐时对柯尔克孜族的普遍称谓，宋、辽、金时期“辖戛斯”、“黠戛司”、“纥里迄斯”称之，蒙元时期一般称作“吉利吉思”、“乞儿吉思”，所有这些，都是“柯尔克孜”一词在清代以前各时期的汉语不同译音。清代沿用准噶尔蒙古对柯尔克孜族的称呼“布鲁特”，意为“高山居民”。民国初年，仍称“布鲁特”。1935年4月，柯尔克孜族作为该民族的正式名称，经由新疆省第二次民众代表大会通过。

关于柯尔克孜族的起源，中外史籍和柯尔克孜族的传说都有种种不同的说法。这些说法，大都由“柯尔克孜”一词的不同含义引申而出，或言历史起源，或言生活环境，或言形貌特征。流传较为广泛的传说有：“柯尔乌克孜”——山里的乌古孜人;“柯尔奥古孜”——依山傍河的人;“柯尔盖孜”——山里的游牧人;“黠戛斯”——黄头赤面(回纥人对柯克尔孜人的称呼)等等。

柯尔克孜族源出古代民族，但不等同于古代民族。今天的柯尔克孜族乃是一个在历史长河中不断吸收、融合其他民族成分而逐渐形成的民族共同体。公元前3世纪，柯尔克孜族先民已游牧生息于叶尼塞河上游地区。公元前3世纪末依附于势力强大的匈奴。公元87年匈奴统治瓦解后，一部分坚昆人随其迁移到中亚天山一带。公元1世纪后，鲜卑、柔然、高车继起漠北，统辖坚昆。

6世纪中叶突厥雄霸漠北，坚昆时称“契骨”，隶属突厥铁勒部。从汉代至隋朝这一历史时期，部落和氏族公社是坚昆社会基本的组织形式，贫富差别也已产生。游牧和渔猎是其主要的社会生产活动，也有一定数量的农业和手工业。

公元前632年唐朝派王义宏出使黠戛斯。643年黠戛斯遣使向唐贡献貂皮。646年唐与铁勒诸部灭薛延陀汗国，漠北诸游牧部落，包括黠戛斯全都隶属于唐朝，唐设燕然都护府进行管理。648年唐朝于黠戛斯地设坚昆都督府，拜黠戛斯首领俟利发为左屯大将军、坚昆都督，从而使黠戛斯正式纳入唐朝版图。718年坚昆都督骨笃禄毗伽可汗率部参加了唐朝对后突厥的军事讨伐行动。744年回纥建国。8世纪末至9世纪初，回纥对黠戛斯发动大规模的征战，黠戛斯社会经济遭到严重破坏。9世纪20年代黠戛斯复兴。840年黠戛斯灭回鹘汗国，回鹘被迫西迁，黠戛斯汗国称雄漠北，势力一度达到天山地区。在唐代，黠戛斯始终与中央王朝保持密切的政治、经济、文化联系。847年唐宣宗遣使敕封黠戛斯可汗为“英武诚明可汗”。870年唐朝在平息沙陀李克用叛乱的战争中，得到了黠戛斯的出兵援助。